门源矿产、动植物资源富集。现已发现的矿产资源有煤炭、金、银、铜、锌等20种，其中，查明煤炭储量1.4亿吨，被誉为“黑珍珠”的无烟煤广泛分布于门源县宁缠和一棵树地区，是青海省最大的无烟煤生产基地。境内流域面积50平方千米以上的河流有31条，水能理论蕴藏量为56万千瓦，已建成水电站24座，装机容量16.98万千瓦；在建水电站5座，装机容量18.26万千瓦。境内野生动物有40余种，受国家保护的珍稀动物有雪豹、麝、猞猁等10余种；此外，丰富的食用和药用野生植物资源有着极大的利用价值和开发潜力。